تأسست الهيئة في عام 1984م بمرسوم أميري من ديوان صاحب السمو الشيخ حميد بن راشد النعيمي وذلك حين اشتدت المجاعة في السودان في تلك السنة، ومن حينها والهيئة تمد يد العون لكل إنسان يحتاج للمساعدة.
في العام 1989م قامت نخبة من رجال الأعمال في دبي، بمبادرة إنسانية هدفت إلى تأسيس جمعية نفع عام، تختص بالعمل داخل دولة الإمارات، وعلى أسس إدارية وفنية مبتكرة، وأطلقوا عليها اسم "جمعية بيت الخير"
تم إنشاء صندوق الفرج عام2009 ليجسد القيم السامية والمستمدة من الدين الإسلامي الحنيف نحو تخفيف وطأة المعاناة عن نزلاء المؤسسات العقابية والإصلاحية وأسرهم.